A atriz está separada do realizador Ivo Ferreira, depois de 10 anos de casamento.
Margarida Vila-Nova e Ivo Ferreira têm dois filhos em comum, Martim, de oito anos, e Dinis, de seis. Ao longo dos anos em que estiveram juntos dividiram as suas vidas entre Lisboa e Macau, onde tem uma mercearia de produtos portugueses.
O casal que sempre primou pela discrição na vida pessoal, optam agora por manter a mesma postura, preferindo não comentar a separação.
